O Curso de Mestrado em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente, teve a sua implantação recomendada pela CAPES no final de 1997 e foi iniciado em 1998. Tem como objetivo contribuir para o desenvolvimento sustentável das regiões tropicais úmidas, especialmente a do Sudeste da Bahia, através da formação de profissionais altamente qualificados, com plena visão integrada das relações ambientais inerentes à concepção, planejamento, operacionalização e monitoramento do processo de desenvolvimento.
Tendo como linhas de pesquisa:

Análise, Planejamento e Gestão Ambiental
Tecnologia e Qualidade Ambiental

A Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC) tem um longo histórico relacionado a projetos e ações voltados para a conservação da biodiversidade, e uso sustentável dos recursos naturais. Formar profissionais com sólida base em pesquisa e teoria ecológica, capazes de aplicar este conhecimento para responder questões relacionadas à conservação da biodiversidade. A este novo perfil profissional chamamos de Ecólogo da Conservação.
Tendo como linhas de pesquisa:

Ecologia e Conservação de Populações;
Ecologia e Conservação de Comunidades, Ecossistemas e Paisagens;
Ações e Planejamento em Conservação da Biodiversidade.

A criação do Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular foi formalizada por resolução do Conselho de Ensino Pesquisa e Extensão da Universidade Estadual de Santa Cruz, em 29 de setembro de 2001. Este programa de pós-graduação tem por objetivo formar profissionais altamente qualificados para atuarem no ensino e na pesquisa em Genética e Biologia Molecular, particularmente nas áreas de concentração de:

Genética e Biologia Molecular
Biotecnologia e Genômica

O Programa de Pós-Graduação em Letras: Linguagens e Representações (mestrado e doutorado), da Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC), desde sua instituição, conforme Ofício CAPES/CTC/CCA nº 567-13/2007 e Resolução CONSU-UESC nº 08/2007, procura responder a demandas pelo empoderamento de grande parcela da sociedade brasileira, como as culturas indígenas e afrodescendentes, as mulheres, LGBTTQI e demais representantes da diversidade sexual e de gênero. Considerando que, muitas vezes, essas minorias não obtiveram consideração nos registros históricos do país e no seu cânone literário, nem na disseminação da Cidadania e dos Direitos Humanos, as possibilidades de reversão dessa lógica orientam a formação discente e docente do Programa, desde o efetivo início das suas atividades em 2008. Trata-se, assim, de um programa de pós-graduação no qual é possível abordar objetos de pesquisa de forma não excludente, o que constitui alternativa aos programas tradicionais, que dão ênfase, sobremodo, aos bens simbólicos previamente legitimados pela Academia. No contexto pós-industrial, trata-se de uma perspectiva que, longe de desmerecer os enfoques do passado, só faz ampliá-los para solicitar atenção redobrada ao diálogo entre saberes e campos do conhecimento.

Literatura e Interfaces
Linguística Aplicada

O Programa de Pós-Graduação em Produção Vegetal iniciou as suas atividades em nível de Mestrado em 2004. Este programa tem como missão a busca, por excelência, da formação técnica, científica e humanística de profissionais para as Ciências Agrárias ou áreas afins.
Tendo como linhas de pesquisa:

Cultivos em Ambiente Tropical Úmido;
Melhoramento de Plantas e Biotecnologia;
Proteção de Plantas;
Solos e Nutrição de Plantas em Ambiente Tropical Úmido.

O Programa de Pós-Graduação em Zoologia (nível Mestrado Acadêmico) da Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC), iniciado em 2003, foi o primeiro curso de Pós-graduação em Zoologia aprovado pela CAPES no Estado da Bahia. Originalmente com área de concentração em Zoologia Aplicada, apresentava três linhas de pesquisa: Conservação e Utilização de Animais, Controle Populacional de Animais e Etologia Aplicada.

Sistemática e Diversidade Animal
Zoologia Aplicada