O Programa de Mestrado em Ciências da Saúde da UESC promove a formação para o ensino superior de qualidade e o desenvolvimento da pesquisa, voltada para questões básicas e aplicadas em saúde e que contribuam para a inovação e o aperfeiçoamento acadêmico, científico e tecnológico no estado da Bahia. É parte integrante do Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) da UESC, no que diz respeito à consolidação e expansão de programas de pós-graduação stricto sensu, nas áreas de Ciências da Vida, Ciências Humanas e Ciências Sociais Aplicadas.
Tendo como linhas de pesquisa:

Saúde mental, álcool e Outras Drogas
Indicadores do processo saúde/doença e agravos

O curso foi estruturado com uma Área de Concentração, denominada por Ciência e Tecnologia dos Materiais e com duas Linhas de Pesquisas:

Síntese e Caracterização dos Materiais;
Modelagem e Simulação em Materiais.

A linha primeira linha é de vertente experimental, enquanto a segunda é teórica. O curso de mestrado é planejado para ser desenvolvido no tempo médio de dois (2) anos e compreende etapas como: cursar disciplinas; desenvolvimento e redação da dissertação e defesa pública da dissertação.

O Curso de Mestrado em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente, teve a sua implantação recomendada pela CAPES no final de 1997 e foi iniciado em 1998. Tem como objetivo contribuir para o desenvolvimento sustentável das regiões tropicais úmidas, especialmente a do Sudeste da Bahia, através da formação de profissionais altamente qualificados, com plena visão integrada das relações ambientais inerentes à concepção, planejamento, operacionalização e monitoramento do processo de desenvolvimento.
Tendo como linhas de pesquisa:

Análise, Planejamento e Gestão Ambiental
Tecnologia e Qualidade Ambiental

A Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC) tem um longo histórico relacionado a projetos e ações voltados para a conservação da biodiversidade, e uso sustentável dos recursos naturais. Formar profissionais com sólida base em pesquisa e teoria ecológica, capazes de aplicar este conhecimento para responder questões relacionadas à conservação da biodiversidade. A este novo perfil profissional chamamos de Ecólogo da Conservação.
Tendo como linhas de pesquisa:

Ecologia e Conservação de Populações;
Ecologia e Conservação de Comunidades, Ecossistemas e Paisagens;
Ações e Planejamento em Conservação da Biodiversidade.

O mestrado em Economia Regional e Políticas Públicas tem como objetivo principal promover ações de ensino e pesquisa que impulsionem o desenvolvimento da ciência e tecnologia, em nível estadual e nacional através da formação de profissionais qualificados para a geração e disseminação de conhecimento científico e tecnológico em economia regional e políticas públicas. Visa auxiliar no processo regional de desenvolvimento através da atuação nos diversos segmentos e atividades econômicas através das pesquisas e levantamentos acerca da realidade regional a ser estudada.
Tendo como linhas de pesquisa:

Desenvolvimento Regional;
Estado, Sociedade e Mercado.