O Programa de Mestrado em Ciências da Saúde da UESC promove a formação para o ensino superior de qualidade e o desenvolvimento da pesquisa, voltada para questões básicas e aplicadas em saúde e que contribuam para a inovação e o aperfeiçoamento acadêmico, científico e tecnológico no estado da Bahia. É parte integrante do Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) da UESC, no que diz respeito à consolidação e expansão de programas de pós-graduação stricto sensu, nas áreas de Ciências da Vida, Ciências Humanas e Ciências Sociais Aplicadas.
Tendo como linhas de pesquisa:

Saúde mental, álcool e Outras Drogas
Indicadores do processo saúde/doença e agravos

O curso foi estruturado com uma Área de Concentração, denominada por Ciência e Tecnologia dos Materiais e com duas Linhas de Pesquisas:

Síntese e Caracterização dos Materiais;
Modelagem e Simulação em Materiais.

A linha primeira linha é de vertente experimental, enquanto a segunda é teórica. O curso de mestrado é planejado para ser desenvolvido no tempo médio de dois (2) anos e compreende etapas como: cursar disciplinas; desenvolvimento e redação da dissertação e defesa pública da dissertação.

O Curso de Mestrado em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente, teve a sua implantação recomendada pela CAPES no final de 1997 e foi iniciado em 1998. Tem como objetivo contribuir para o desenvolvimento sustentável das regiões tropicais úmidas, especialmente a do Sudeste da Bahia, através da formação de profissionais altamente qualificados, com plena visão integrada das relações ambientais inerentes à concepção, planejamento, operacionalização e monitoramento do processo de desenvolvimento.
Tendo como linhas de pesquisa:

Análise, Planejamento e Gestão Ambiental
Tecnologia e Qualidade Ambiental

A Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC) tem um longo histórico relacionado a projetos e ações voltados para a conservação da biodiversidade, e uso sustentável dos recursos naturais. Formar profissionais com sólida base em pesquisa e teoria ecológica, capazes de aplicar este conhecimento para responder questões relacionadas à conservação da biodiversidade. A este novo perfil profissional chamamos de Ecólogo da Conservação.
Tendo como linhas de pesquisa:

Ecologia e Conservação de Populações;
Ecologia e Conservação de Comunidades, Ecossistemas e Paisagens;
Ações e Planejamento em Conservação da Biodiversidade.

O mestrado em Economia Regional e Políticas Públicas tem como objetivo principal promover ações de ensino e pesquisa que impulsionem o desenvolvimento da ciência e tecnologia, em nível estadual e nacional através da formação de profissionais qualificados para a geração e disseminação de conhecimento científico e tecnológico em economia regional e políticas públicas. Visa auxiliar no processo regional de desenvolvimento através da atuação nos diversos segmentos e atividades econômicas através das pesquisas e levantamentos acerca da realidade regional a ser estudada.
Tendo como linhas de pesquisa:

Desenvolvimento Regional;
Estado, Sociedade e Mercado.

O Programa Nacional de Mestrado Profissional em Ensino de Física (MNPEF) é um programa nacional de pós-graduação de caráter profissional, voltado a professores de ensino médio e fundamental com ênfase principal em aspectos de conteúdos na Área de Física. O objetivo é capacitar em nível de mestrado uma fração muito grande professores da Educação Básica quanto ao domínio de conteúdos de Física e de técnicas atuais de ensino para aplicação em sala de aula. Tendo como linhas de pesquisa:

Física no Ensino Fundamental;
Física no Ensino Médio;
Processos de Ensino e Aprendizagem e Tecnologias de Informação e Comunicação no Ensino de Física.

O PROFISICA tem como objetivo central preparar recursos humanos em nível de pós-graduação, que possam contribuir para o desenvolvimento científico e tecnológico do país, em especial da região Nordeste e dentro desta, do Estado da Bahia. A criação deste curso se enquadra na tendência desejável da descentralização dos recursos científicos-tecnológicos e de profissionais qualificados no Brasil, que, sem dúvida, além de significar economia de recursos, contribui com um desenvolvimento mais equilibrado das diferentes regiões do país.
Tendo como linhas de pesquisa:

Cultivos em Ambiente Tropical Úmido; Astrofísica;
Física Nuclear Teórica e Aplicada.

A criação do Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular foi formalizada por resolução do Conselho de Ensino Pesquisa e Extensão da Universidade Estadual de Santa Cruz, em 29 de setembro de 2001. Este programa de pós-graduação tem por objetivo formar profissionais altamente qualificados para atuarem no ensino e na pesquisa em Genética e Biologia Molecular, particularmente nas áreas de concentração de:

Genética e Biologia Molecular
Biotecnologia e Genômica

O programa de Pós-Graduação stricto sensu em História, com Área de Concentração em História do Atlântico e da Diáspora Africana, tem sede na Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC), no município de Ilhéus, Estado da Bahia, e centra sua ação no desenvolvimento da capacidade de pesquisa e criação em História e outros ramos das Ciências Humanas.

Qualificar profissionais com uma formação técnica, científica e cultural, ampla e aprofundada, desenvolvendo a capacidade de pesquisa e criação em História e campos/áreas afins;
Desenvolver habilidades de ensino em nível de pós-graduação e o aperfeiçoamento técnico no campo da investigação em História e campos/áreas afins;

O Programa de Pós-Graduação em Letras: Linguagens e Representações acena com a possibilidade de responder a uma demanda reprimida, nesta área de conhecimento. Por se estar vivenciando um processo de desierarquização em relação aos valores canônicos, acerca da linguagem e da cultura, estruturar um programa de pós-graduação, em que seja possível abordar objetos de pesquisa de forma não excludente.

As linhas de pesquisa são:

Literatura e Cultura: Representações em perspectiva;
Linguagem: Descrição e discurso

O Programa de Mestrado Profissional em Letras (PROFLETRAS), em Rede Nacional, é um curso de pós-graduação vinculado ao Sistema de Universidade Aberta do Brasil (UAB). O funcionamento se dá em parceria entre a UESC e o sistema nacional, coordenado pela Universidade Federal do Rio Grande do Norte. O curso tem como objetivo propiciar formação continuada, com participação semipresencial em âmbito da pós-graduação, para professores do ensino fundamental em todo o país.
Tendo como linhas de pesquisa:

Linguagens e letramentos;
Teorias da Linguagem e Ensino;
Leitura e Produção Textual: diversidade social e práticas docentes.

O Mestrado Profissional em Matemática em Rede Nacional (PROFMAT) é um curso semipresencial com oferta nacional, conduzindo ao título de mestre matemática, coordenado nacionalmente pela Sociedade Brasileira de Matemática (SBM) e integrado por instituições de Ensino Superior, associadas em Rede Nacional no âmbito do Sistema Universidade Aberta do Brasil (UAB). Tem como objetivo proporcionar formação matemática aprofundada relevante ao exercício da docência no ensino básico.

O Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional em Ciência e Tecnologia - PPGMC da UESC é o resultado do trabalho de diversos pesquisadores do Departamento de Ciências e Exatas e Tecnológicas. O curso recém aprovado pela CAPES em 2012 visa capacitar recursos humanos em nível de mestrado para realizar atividades de magistério de nível superior, de pesquisa científica e de promoção do desenvolvimento tecnológico, sustentadas na aplicação de modelos computacionais e simulação científica.
Tendo como linhas de pesquisa:

Modelagem Matemática e Computacional Aplicada;
Biologia Computacional.

O Programa de Pós-Graduação em Produção Vegetal iniciou as suas atividades em nível de Mestrado em 2004. Este programa tem como missão a busca, por excelência, da formação técnica, científica e humanística de profissionais para as Ciências Agrárias ou áreas afins.
Tendo como linhas de pesquisa:

Cultivos em Ambiente Tropical Úmido;
Melhoramento de Plantas e Biotecnologia;
Proteção de Plantas;
Solos e Nutrição de Plantas em Ambiente Tropical Úmido.

O Programa de Pós-Graduação em Química - PPGQUIM - têm a finalidade de proporcionar formação científica e cultural, ampla e aprofundada, de docentes, pesquisadores e profissionais em Química em nível de Mestrado, dando condições de esses cidadãos atuarem em instituições de ensino superior, centros de pesquisa e indústrias.
Tendo como Áreas de Concentração:

Química Analítica Aplicada;
Recursos Naturais e Tecnologia.

O Programa de Pós-Graduação em Sistemas Aquáticos Tropicais, sediado na Universidade Estadual de Santa Cruz, foi iniciado em meados de 2004. O Programa tem papel fundamental na promoção de pesquisas científicas na área aquática e atividades de ensino e extensão que subsidiem o desenvolvimento sustentável da região sudeste do Estado da Bahia, onde está localizado.
Tendo como linhas de pesquisa:

Ecologia de Comunidades e Ecossistemas Aquáticos Tropicais;
Manejo de Recursos Naturais, Diagnóstico e Remediação de Impactos ambientais

O Programa de Pós-Graduação Mestrado Profissional em Educação – PPGE, criado em 2012, tem por finalidade atender a formação continuada de docentes da educação básica da Bahia, graduados em licenciaturas, buscando aperfeiçoar sua prática docente, o processo de aprendizagem, a construção do conhecimento e a intervenção político-pedagógica dos profissionais da educação nos cenários local, regional e nacional, buscando ampliar as condições de reflexão e enfrentamento das várias questões que afetam a educação de crianças, adolescentes, jovens e adultos. Com foco na formação de profissionais da Educação, visa formar mestres profissionais em educação que conjuguem a atitude investigativa, o exercício de uma prática inovadora e de excelência na docência e na gestão educacional, a fim de provocar mudanças no processo de práticas pedagógicas, alfabetização e da gestão educacional e escolar numa perspectiva crítica e, com isso, contribuir para a elevação da qualidade da educação básica com vistas ao desenvolvimento regional e local.

O Programa de Pós-Graduação em Educação em Ciências e Matemática (PPGECM) é um curso de mestrado da Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC) localizada na cidade de Ilhéus, litoral sul do estado da Bahia. O programa teve origem em 2019 a partir da fusão do Programa de Pós-graduação em Educação em Ciências (PPGEC) - vigente de 2013 a 2019 - e o Programa de Pós-Graduação em Educação Matemática (PPGEM) - vigente de 2012 a 2019. O PPGECM tem como missão a qualificação de profissionais de alto nível com formação técnica e científica, habilitados à docência de nível superior e à pesquisa científica em Educação em Ciências e Matemática. Para isto, o Programa possui dois objetivos principais: investigar a formação inicial e continuada de professores de Ciências e Matemática e desenvolver atividades de ensino e pesquisa sobre a compreensão de processos de ensino e aprendizagem das Ciências e Matemática.

O curso de Pós-Graduação Stricto Sensu em Educação Física (Mestrado Associado UESB/UESC) surgiu da iniciativa de um grupos de professores de diferentes departamentos da Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia, campus de Jequié e do Departamento de Ciências da Saúde da UESC, que desde 2016 se reuniram com o propósito de implantar o primeiro curso de Mestrado em Educação Física do Estado da Bahia. Com um corpo docente com formação em programas de excelência nacional, o PPGEF-UESB/UESC tem como objetivo principal a formação de docentes, pesquisadores e profissionais com amplo domínio de seu campo do saber (Educação Física) e com evidente capacidade de liderança e inovação.

O Programa de Mestrado Profissional em Enfermagem da UESC possui como objetivos principais: Permitir o aprofundamento da formação científica e profissional da(o)s enfermeira(o)s para a transformação da práxis cotidiana nos serviços de atenção à saúde, contribuindo para a melhoria de saúde da população e consolidação do Sistema Único de Saúde; Preparar enfermeira(o)s para atuar sobre a realidade de saúde pública e privada, oportunizando a produção de conhecimento, projetos e tecnologias inovadoras no cuidado à saúde com base em evidências científicas; Estimular o desenvolvimento de produção científica com rigor metodológico nos cenários assistenciais relacionados à saúde e difundir conhecimentos que atendam as necessidades da população. Faz parte do Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) da UESC, no que se refere à consolidação e expansão de programas de pós-graduação stricto sensu, na área de Ciências da Saúde.

Estudos analíticos e práticos sobre as competências dos NITs e sua política institucional de inovação tecnológica de acordo com o arcabouço legal e políticas setoriais. Estímulo à proteção das criações, resultados de pesquisa e desenvolvimento tecnológico, busca de anterioridade, processamento e manutenção dos títulos de PI nas diversas áreas do conhecimento. Transferência de tecnologia nas suas diversas formas e nos vários setores estruturantes e seus inter-relacionamentos, identificação de nichos de mercado e ambientes de inovação de base tecnológica e suas interações sistêmicas, empreendedorismo, identificação de gargalos e de oportunidades de mercado para transferir tecnologia adequadamente (inteligência competitiva), visando seu uso pela sociedade e contribuindo para o desenvolvimento e crescimento econômico nas esferas local, regional e global, melhorando as condições de vida da população, alavancando o Produto Interno Bruto (PIB) e impulsionando o Índice de Desenvolvimento Humano (IDH).

O Mestrado Profissional em Química em Rede Nacional (PROFQUI), é um curso semipresencial com oferta nacional, conduzindo ao título de Mestre em Química, coordenado nacionalmente pelo Instituto de química da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), tem cogestão da Sociedade Brasileira de Química (SBQ) e integrado por Instituições de Ensino Superior, associadas em uma Rede Nacional no âmbito do Sistema Universidade Aberta do Brasil (UAB).

O Programa de Pós-Graduação em Zoologia (Mestrado acadêmico) da UESC foi o primeiro curso de Pós-graduação em Zoologia no Estado da Bahia. Atualmente inserido na área de Biodiversidade, o programa forma desde2003 recursos humanos qualificados para atender a demanda em estudos e ações sobre a conservação, o manejo e a utilização da fauna brasileira. Os egressos atuam profissionalmente na docência, na pesquisa científica, em órgãos do poder público e no setor privado.
Tendo como linhas de pesquisa:

Conservação e Utilização de Animais;
Controle Populacional de Animais;
Etologia Aplicada (Comportamento Animal).